Vintage B3 には、3 バンドイコライザ、リバーブ（残響）エフェクト、ペダル制御式のワウワウエフェクト、そして真空管アンプのオーバードライブサウンドをシミュレートするディストーション（歪み）エフェクトが組み込まれています。さらに、信号にレスリー・ロータリー・スピーカーのエミュレーションを加えることもできます。
デフォルトのエフェクト信号経路では、まずオルガンの信号がイコライザ、ワウ、ディストーションの各エフェクトを通ります。ここで加工された信号は次にリバーブへと送られ、最後にレスリー・ロータリー・エフェクトへと進みます。
以下のいずれかの操作を行います：
Vintage B3 のエフェクトセクション全体を有効または無効にするには、「Master」スイッチのオン／オフを切り替えます。
リバーブ、イコライザ、ワウ、およびディストーションエフェクトを個別に有効または無効にするには、オン／オフスイッチを使用します。
各エフェクトの名前をドラッグして、必要な信号経路を作成します。
EQ - ワウ - ディストーション：この経路は古典的な B3 に最適です。オルガンの EQ から、ワウペダルを通り、オーバードライブ状態のレスリーアンプで増幅されます。
EQ - ディストーション - ワウ：オーバードライブサウンドは、その入力信号のフィルタとして EQ を使うかワウを使うかによって変わります。ディストーションの前に EQ を置くと、信号が変化する幅が広がります。ディストーションエフェクトの出力信号には高周波成分が含まれますが、ワウをエフェクトチェーンの最後に置くことでこれを抑制できます。
ワウ - ディストーション - EQ：絶叫のような鋭い響きを作り出したい場合（ワウエフェクトの出力をディストーションで歪ませる）は、この経路を選択すれば耳障りな雑音を抑えることができます。
ディストーション - EQ - ワウ：2 つのフィルタによりディストーションがかかりすぎて聞き苦しい倍音が生じる場合は、この経路を選択して抑制できます。
「Pedal」スイッチを「Byp」（バイパス）に設定します。「FX」に設定すると、オルガンの出力全体が処理の対象になります。
ディストーション、ワウ、および EQ エフェクトをペダルでのみバイパスすることによって、オルガンの低音部がワウエフェクトのためによく聞こえなくなってしまう現象を回避できます。また、ディストーションエフェクトをかけたときの相互変調による雑音も回避できます。